蓝藻为单细胞原核生物，是淡水中最常见的藻类。其中对水产养殖危害比较大的是蓝藻门的微囊藻，常见的有铜绿微囊藻和中华微囊藻。微囊藻多生长在湖泊，池塘等有机质丰富的水体中，营浮游生活。
　　以铜绿微囊藻为例，其在PH值在8-9.5水体最宜生长，喜高磷、低氮、高温、强光和静水。繁殖方式为无性繁殖，主要繁殖方式以营养细胞分裂为主，因具有3个细胞分裂面，所以繁殖速度非常快，严重时能在短短3-5天覆盖水面50%以上。
　　微囊藻的危害
　　微囊藻虽然具有产氧能力强、消耗水中有机质功能，但其危害性更大。首先，微囊藻在生长过程中也会分泌一种抑制其他藻类生长的物质，从而更容易形成种群优势，全面抑制其它藻类的生长。第二，其在水面形成的薄膜能阻挡阳光，同时阻碍水体与空气的氧气交换，打破水体溶氧的自然循环过程；而且微囊藻夜间好氧量非常大，严重消耗水体溶氧。以上几个方面叠加一起，容易导致水体缺氧（特别是夜间），导致养殖动物浮头或翻塘。第三，蓝藻大量死亡过程会产生恶臭味，蓝藻死亡后产生的毒素是目前范围最广的一种毒素，而微囊藻死后产生的毒素LR是目前已知蓝藻中毒性最强，急性危害最大的一种毒素，其集中大量死亡产生的毒素会对水生动物会产生严重危害。同时，其死亡过程会严重消耗水体中的溶解氧，造成缺氧或转水，对水产养殖产生灾难性后果。