最近几年来，果农开始重视有机肥的施用，不过大部分果农施用的都是商品有机菌肥，肥料成本增加了，但施用后效果却没有明显提高。究其原因，主要是果农不了解有机菌肥的特性盲目施用造成的。不同的有机菌肥特点不同，只有了解了这些特点，才能在果园中做到正确合理施用。
　　1. 有机菌肥的特点
　　①施肥时没有考虑到土壤的酸碱性。有机菌肥有pH值，又有真菌、细菌之分。中性和微酸性土壤宜施细菌性有机菌肥;碱性土壤宜施丝状微生物的藻类有机菌肥，施用后能固定空气中的氮，帮助果树利用以其他状态存在的氮素养分。其实土壤中微生物很多，数量也很大，大部分微生物对作物的生长发育、土壤的团粒结构、物质循环都有很大影响，还能分解有机质和矿物质，释放出营养元素供作物吸收利用。在酸性土壤上施用碱性生物菌肥，酸碱中和会降低肥效。有些菌是需氧性很强的菌种，如放线菌、霉菌类等施在板结透气性差的土壤中，先不说发酵繁殖，就菌种本身都难以成活。
　　②土壤理化性状恶化，有机菌肥无法发挥作用。菌肥中的菌赖以生存的条件是有机质，而80%以上的果园都在施用无机化肥，使得土壤板结、透气性差，一些厌氧菌大量繁殖，如镰刀菌、齐整小核菌引起的苹果、桃等果树圆斑根腐病、白绢病（茎基腐病）。更为严重的是有机肥极度缺乏破坏了土壤的团粒结构，降低了土壤的保肥保水能力。果农商品有机肥施用量一般都在1.5～4千克/株，有机质很快被分解利用，生物菌失去赖以生存的条件后不能繁殖生存，大部分死亡。这就是果农在施用商品有机菌肥时发现的地肥施生物菌肥有作用而地薄无作用的原因所在。
　　③土壤中微生物活动能力减弱，有机菌肥无法发挥作用。有机菌肥施用后没有良好的活动场地不能发酵繁殖，大部分菌种死亡失去菌肥的作用。果园多年不施有机肥、浅施无机肥，造成土壤板结、存氧量差，根系生长缓慢，致使土壤pH值发生变化。连续喷施除草剂加剧了土壤团粒结构的破坏和土壤微生物的死亡。特别是氟乐灵，它是芽前除草剂，主要是杀死草的吸收根而不是草籽。氟乐灵在土壤中残留时间长，半衰期可长达130天以上，不光杀死草的吸收根，也能杀死果树的吸收根，使果树缺少营养，根系生长受阻而发生小叶。除草剂在土壤中的残留直接破坏了土壤的团粒结构，使土壤中的微生物死亡。果园施用有机菌肥后，由于土壤中没有足够的微生物供菌肥发酵繁殖形成有效的菌群扩大肥效的发挥，所以降低了有机菌肥的施用效果。
　　2. 正确认识和施用有机菌肥    对果农而言，这种新型肥料是个新事物，需要不断学习了解其属性和作用。如球状芽孢杆菌是细菌杀虫菌，EM菌是抗重茬菌，乳状芽孢杆菌是长效细菌杀虫菌，枯草芽孢杆菌是真菌杀虫菌，能有效地防治根系周围的真菌使作物免受侵害，地衣芽孢杆菌是细菌性防病菌。果农不要轻信菌能治黄叶、小叶等生理性病害的说法，能防止黄叶、小叶的是有机肥而不是菌。
　　有机菌肥的施用，首先要求地温在5～35℃范围内，低于5℃菌种不能发酵繁殖，高于35℃菌种会被烧死。有机菌肥最好单独施用，不要和大量元素化肥（氮、磷、钾）混合施用。在两棵树中间挖20厘米深、25厘米宽的沟，先把菌肥撒入沟内，再撒大量元素化肥，最后填土，这种施肥方法和混施没有什么区别，大量元素化肥会杀死菌种。正确的施肥方法：应采取放射状沟施法，挖30厘米宽、25～35厘米深的沟，先施入氮磷钾化肥，填一层10厘米左右厚的土，再施入菌肥，有了土这层隔离带，氮磷钾化肥水溶下渗后杀死菌种的机会就减少。施用生物菌肥的关键是要不断培养土壤微生物。只有土壤中有足够的有机物或腐殖质时才能被微生物菌利用，才能激活土壤微生物快速繁殖和营养元素的作用。可实行果园生草制，在草长至15～20厘米高时刈割，全年反复进行地面覆盖，两年全园普翻1次，以利果园腐殖质含量的提高。3～5年施1次发酵好的牛、猪、羊、鸡、兔等畜禽粪，为有机菌肥中菌种的发酵繁殖提供充足的基质，并为果树生长提供中、微量元素，从而减少小叶、黄叶等生理性病害的发生。此外，果园要正确选择除草剂，要求既能除草，在土壤中残留时间又短，这样就不会对土壤中的微生物和团粒结构起到太大的杀伤破坏作用。