无论是种植蔬菜还是花卉苗木，育苗基质都是生产高质量产品的关键因素。育苗基质也就是俗称的营养土，其作用就是取代土壤但营养物质要比土壤更丰富，这样植株才能更好的适应环境，快速生长。在选配育苗基质或自制营养土时，应遵从以下几个标准：
1、从生态环境角度考虑。要求育苗基质基本上不含活的病菌、虫卵，不含或尽量少含有害物质，以防其随苗进入生长田后污染环境与食物链。为了符合这个标准，在自制基质营养土时可以加入启富菌肥发酵剂对所选的原材料快速发酵，以达到杀菌杀毒、去除虫卵的目的。
2、育苗基质应有与土壤相似的功能。从营养条件和生长环境方面来讲，基质比土壤更有利于植株生长。但它仍然需要有土壤的其他功能，如利于根系缠绕（以便起坨）和较好的保水性等。
3、育苗基质以配制有机、无机复合基质为好。在利用启富菌肥发酵剂对原材料进行发酵时，应注意把有机基质和无机基质科学合理组配，更好地调节育苗基质的通气、水分和营养状况。
4、选择使用当地资源丰富、价格低廉的轻基质。在应用穴盘育苗技术时，如何选择育苗基质或发酵原材料是关系到育苗成本和育苗质量的首要问题。在通常情况下，应充分挖掘和利用当地适合穴盘育苗的轻基质资源，降低育苗基质成本，从而降低穴盘苗的销售价格。根据各地实际情况，选用炭化稻壳、棉籽壳、锯末、蛭石、珍珠岩等价格低廉基质作穴盘育苗基质。