沼气肥是指原料在沼气池内发酵后所剩的物质。其中的液体部分称为沼气水肥，固体部分即发酵后的残渣称为沼气渣肥。分离出来的沼渣和沼液，经过有益微生物菌的分解，发酵，降解有害细菌，这种肥料有机质含量比较高，可作底肥、追肥，也可以与畜粪、草、树叶等混合制成肥料。

作底肥。旱田要深施，水田可撒施，经翻耙使其与泥土混合。667平方米（1亩）以施1000公斤沼气渣肥为宜。作追肥，适于在菜田或有灌溉条件的旱田随水施入田内。

沼气水肥中的氨态氮易挥发，最好在傍晚时施用。旱田施沼气水肥后应即时盖上。没有灌溉条件的地块，可用氨水施肥机或氨水犁将沼气水肥直接施入土层。还可以将沼气水肥装入氨水袋、粪箱或抗旱水箱，在起垄前喷洒到地里，然后起垄播种。

用沼气肥制合成肥料，可在沤肥坑的底部先铺一层粉碎的秸秆、畜粪、杂草、树叶等有机物质，然后铺一层沼气肥，这样依次填加，直至坑满为止，腐熟后即可施用。

利用沼气肥养鱼，具有肥效高、耗氧低、浮游生物繁殖快、鱼类生长快、鱼病少、鱼肉无异味、成本低、操作方便等优点。

掌握沼气肥效高的时间：一般来讲，沼气池大换料后，经过一个月，沼气肥所含的速效氮、磷等达到高峰。将此时的沼气肥施到鱼塘中，能发挥最大效益。

将沼气肥的肥渣作为基肥，肥水作为追肥：沼气肥是速效性肥料，在施用上应掌握“量少次多”的原则。一般是每天施一次，如天气炎热，水色透明度在25厘米以下，就应隔一天或几天施放一次。

鱼塘与沼气池的面积要配套：鱼塘与沼气池的面积比以100:0.2~0.3为宜。分设几个沼气池，以便轮换使用，避免产生鱼塘过肥或沼气肥过剩的现象