饲料用酵母菌主要分为热带假丝酵母、产阮假丝酵母、酿酒酵母、红酵母、毕赤酵母等。饲料酵母因其含有较高的粗蛋白质、氨基酸及多种维生素，同时含有多种动物所需的消化酶（α-淀粉酶、蛋白酶、纤维素酶、半纤维素酶等），对营养物质的消化吸收起着重要作用。酵母细胞还可以直接和肠道中的病原体结合，中和胃肠中的毒素。同时酵母菌具有浓烈的酵母香味，对家畜增加食欲、增强消化吸收等有一定作用。

乳酸菌可提供营养物质，直接促进动物生长，改善消化道微生态环境，调节消化道免疫系统。其作用机理是乳酸菌进入肠道后会形成优势菌种，从而抑制病菌的繁殖，并且自身可以产生多种抑菌物质，抑制或杀死病原微生物，从而增强机体免疫功能，提高机体抵抗力，最终改善畜禽的生长性能和饲养环境。乳酸菌还可以提高饲料的品质，提升家禽对饲料的利用率，与传统的抗生素、化学添加剂相比，具有无-污-染、高-效、安-全的优点。

芽孢杆菌具有较强的淀粉酶、蛋白酶、脂肪酶活性，同时还可降解植物性饲料中的纤维素、半纤维素和木质素等，可明显促进动物对营养物质的消化吸收，进而提高饲料利用率。芽孢杆菌还可以消耗大量的氧，维持肠道厌氧环境，抑制致病菌的生长，维持肠道正常生态平衡，增强机体免疫力。我国已应用于生产的需氧芽孢杆菌主要有蜡样芽孢杆菌、枯草芽孢杆菌、地衣芽孢杆菌和巨大芽孢杆菌。

链球菌属主要包括粪链球菌和乳酸链球菌。可以产生各种抗菌物质和过氧化氢，起到抑制有害菌生长繁殖的作用以及消除有毒、有害代谢产物的作用，起到调节肠道菌群的效果。其他常用于微生物发酵饲料的菌株还包括光合细菌、拟杆菌、木霉等。

目前可用于微生物发酵饲料生产的菌种数量多并且趋向菌株的协同发酵。两种或两种以上微生物协同发酵，体现了微生物之间协同作用，功能互补等关系。因此混合发酵效果要优于单菌发酵。但菌种配伍时要求混合菌种少而精，并要求在同一保存体系下能有协同作用可形成共同的生长优势，从而保证每株菌都能发挥作用。从多菌种的使用情况分析，霉菌和酵母菌的组合发酵占多数。研究表明，采用黑曲霉、绿色木霉、枯草芽孢杆菌、热带假丝酵母和酿酒酵母的单一菌种和组合菌种固态发酵农业废弃物生产蛋白质饲料，结果表明，黑曲霉和热带假丝酵母的混合发酵后蛋白质含量约达到37%。由于霉菌同化淀粉和纤维素的能力强，可以将其降解为酵母能利用单糖、二糖等简单糖类物质，使酵母得以良好的生长繁殖，实现生物转化蛋白饲料的效果。